在第一阶段的气候工程取得阶段性成功后，科学家们的下一个目标是改善火星土壤的生态结构。

火星地表土壤的成分主要是矿物质和细沙，不具备足够的营养元素支持大规模植被的生长。科学家们意识到，若要火星真正实现生态复苏，必须改善土壤，使其能够自给自足地支持植物和微生物的生长。

艾伦带领团队决定尝试生物修复技术，将经过改良的微生物菌群引入火星土壤中，这些菌群能够从矿物质中提取必要的元素，为植物提供养分，同时促进有机质的累积。这样一来，火星的土壤将逐渐形成一个自我维持的微生态系统，为未来的生物多样性提供基础。

“艾伦，这项实验如果成功，将彻底改变火星的土壤环境，使之具备生长更多种类植物的潜力。”一位研究员说道，眼中充满了期待。

艾伦点头，“我们还需要逐步观察菌群的适应情况，确保它们能够稳定生存并且与植物根系共生。只有这样，火星的土壤生态才能逐渐成形。”

生物修复实验启动后，火星的土壤开始出现明显变化，菌群的引入加速了土壤中的有机质积累，第一批引入的植物生长状态良好。然而，随着菌群的扩散，艾伦逐渐发现菌群的分布不均，有些区域的菌群迅速扩展，甚至形成了单一菌落，抑制了其他微生物的生长。

“诺亚，菌群的生长速度超出了我们的预期，它们在某些区域的扩散已经打破了微生态的平衡。”艾伦忧心忡忡地说道，意识到菌群失控可能带来土壤的生态失衡，甚至导致植被衰退。

诺亚分析道，“这可能是菌群之间的竞争性扩散。我们需要找到调控方法，使菌群的扩展保持在适当的平衡状态。”

为了重新控制菌群的扩散，艾伦带领团队通过在土壤中引入第二层菌群，试图抑制单一菌群的扩展，保持土壤生态的多样性。经过反复调试，他们成功平衡了菌群的比例，逐步恢复了土壤的微生态平衡。

在土壤生态逐步稳定之际，火星的气候系统突然出现了剧烈波动。伴随着气流调控系统的运作，一股强劲的气流在火星表层聚集，气压迅速下降，乌云密布，整个地表被红色沙尘笼罩。科学家们惊讶地发现，火星的天气系统正经历一场前所未有的暴风雨。

“这是火星的第一场暴风雨！但这场暴风雨的强度远超我们预料，可能会对植被和土壤造成极大的破坏。”艾伦在观测台上看着远处的风暴，脸上写满了担忧。